前辅文
 第1章 基因组
  1.1 遗传的分子基础
   1.1.1 DNA的化学与生物学
   1.1.2 RNA的化学与生物学
   1.1.3 蛋白质的结构与生物学
  1.2 基因组序列复杂性
   1.2.1 C值与C值悖理
   1.2.2 序列复杂性
   1.2.3 基因组的序列组成
  1.3 基因与基因家族
   1.3.1 编码RNA的基因
   1.3.2 编码蛋白质的基因
   1.3.3 基因家族
   1.3.4 异常结构基因
   1.3.5 假基因
  1.4 染色体
   1.4.1 真核生物染色体
   1.4.2 原核生物染色体
  1.5 基因组
   1.5.1 人类基因组
   1.5.2 其他生物基因组
 第2章 遗传图绘制
  2.1 遗传图与物理图
  2.2 遗传作图标记
   2.2.1 基因标记
   2.2.2 DNA标记
  2.3 遗传作图的方法
   2.3.1 孟德尔遗传学简介
   2.3.2 连锁分析
   2.3.3 不同模式生物的连锁分析
  2.4 遗传图绘制
   2.4.1 人类遗传图
   2.4.2 水稻遗传图
 第3章 物理图绘制
  3.1 限制性作图
   3.1.1 限制性作图的基本方法
   3.1.2 限制性作图的局限
  3.2 基于克隆的基因组作图
   3.2.1 大分子DNA的克隆载体
   3.2.2 重叠群组建
   3.2.3 指纹作图
  3.3 原位染色体连锁图
   3.3.1 同位素或荧光标记探针的原位杂交
   3.3.2 原位杂交
  3.4 辐射杂种作图
   3.4.1 序列标签位点
   3.4.2 辐射杂种作图的程序与方法
  3.5 基因组整合图
   3.5.1 人类基因组整合图
   3.5.2 水稻基因组整合图
 第4章 基因组测序与序列组装
  4.1 DNA测序的方法
   4.1.1 第一代DNA测序
   4.1.2 第二代DNA测序
   4.1.3 第三代DNA测序
  4.2 基因组测序
   4.2.1 基因组测序的策略
   4.2.2 基因组测序的覆盖面
   4.2.3 序列间隙与物理间隙
   4.2.4 插入片段的两端测序
  4.3 序列组装
   4.3.1 作图法测序与序列组装
   4.3.2 鸟枪法测序与序列组装
   4.3.3 不同测序路线与序列组装策略的比较
  4.4 基因组测序的其他路线
   4.4.1 重要区域的优先测序
   4.4.2 EST测序
   4.4.3 环境共栖生物基因组测序
  4.5 人类基因组测序与组装
   4.5.1 人类基因组的测序策略
   4.5.2 人类基因组测序的伦理学问题
   4.5.3 人类基因组测序计划相关的重大事件
 第5章 基因组序列注释
  5.1 搜寻基因
   5.1.1 根据基因结构特征搜寻基因
   5.1.2 同源基因查询
   5.1.3 实验确认基因
   5.1.4 基因的命名与分类
  5.2 基因注释
   5.2.1 计算机预测基因功能
   5.2.2 蛋白质结构域在功能预测中的意义
   5.2.3 根据协同进化注释基因功能
  5.3 基因功能检测
   5.3.1 基因失活是基因功能分析的主要手段
   5.3.2 基因的过量表达用于基因功能检测
  5.4 高通量基因功能的研究方法
   5.4.1 突变库构建
   5.4.2 RNA干扰与基因功能检测
   5.4.3 蛋白质互作
  5.5 功能基因组学
   5.5.1 组学简介
   5.5.2 转录物组
   5.5.3 蛋白质组
   5.5.4 基因本体
 第6章 基因组解剖
  6.1 原核生物基因组解剖
   6.1.1 原核生物基因组的物理结构
   6.1.2 原核生物基因组的遗传组成
  6.2 真核生物基因组解剖
   6.2.1 真核生物核基因组
   6.2.2 真核生物细胞器基因组
  6.3 转座因子与分散重复序列
   6.3.1 DNA转座子
   6.3.2 逆转录因子与分散重复序列家族
   6.3.3 真核生物分散重复序列的比较
  6.4 串联重复序列及其分布
  6.5 人类基因组的结构与组成
   6.5.1 人类基因组编码基因
   6.5.2 人类基因组非编码基因
  6.6 拟南芥基因组的结构与组成
   6.6.1 蛋白质编码基因
   6.6.2 RNA编码基因
 第7章 基因的转录调控
  7.1 原核生物基因的转录
   7.1.1 转录起始调控
   7.1.2 转录延伸与终止调控
  7.2 真核生物基因的转录
   7.2.1 RNA聚合酶与转录因子
   7.2.2 真核生物Pol Ⅰ基因的转录起始与终止
   7.2.3 真核生物Pol Ⅱ基因的转录起始与终止
   7.2.4 真核生物Pol Ⅲ基因的转录起始与终止
   7.2.5 细胞器基因的转录
  7.3 古细菌基因的表达调控
  7.4 基因的转录调控
   7.4.1 转录调控的顺式元件
   7.4.2 转录调控的反式因子
   7.4.3 转录因子与调控序列的互作
   7.4.4 转录因子家族
 第8章 转录物组
  8.1 细胞中的RNA组分
   8.1.1 mRNA
   8.1.2 非编码RNA
   8.1.3 前体RNA及其修饰
  8.2 mRNA的修饰与加工
   8.2.1 mRNA的5′加帽
   8.2.2 mRNA的3′端多聚腺苷酸化
   8.2.3 前体mRNA的剪接加工
   8.2.4 mRNA的定位与降解
  8.3 基因组非编码RNA
   8.3.1 小RNA及其分子生物学
   8.3.2 长非编码RNA
   8.3.3 非编码RNA的生物学意义
 第9章 蛋白质组
  9.1 蛋白质的合成
   9.1.1 tRNA与氨酰化
   9.1.2 密码子与反密码子的互作
   9.1.3 蛋白质合成中核糖体的作用
  9.2 蛋白质翻译调控
   9.2.1 翻译的起始
   9.2.2 翻译的整体调控
   9.2.3 翻译的专一性调控
  9.3 蛋白质翻译后加工
   9.3.1 蛋白质的剪切加工
   9.3.2 蛋白质折叠
   9.3.3 化学修饰
  9.4 蛋白质降解
   9.4.1 蛋白质降解标记——泛素化
   9.4.2 蛋白酶体
   9.4.3 蛋白质降解是调控细胞活性的重要环节
 第10章 基因组表观遗传
  10.1 什么是表观遗传
   10.1.1 表观遗传定义
   10.1.2 表观遗传现象
   10.1.3 表观遗传机制
  10.2 位置效应与表观遗传
   10.2.1 座位控制区
   10.2.2 绝缘子
   10.2.3 副突变
   10.2.4 单等位基因表达
  10.3 DNA甲基化与表观遗传
   10.3.1 DNA甲基化
   10.3.2 DNA甲基化与基因调控
   10.3.3 DNA甲基化与转座子沉默
   10.3.4 基因组印记
  10.4 染色质重建与表观遗传
   10.4.1 核小体与基因表达
   10.4.2 先入模型
   10.4.3 动态模型
  10.5 表观遗传通路
   10.5.1 表观遗传诱导
   10.5.2 表观遗传起始
   10.5.3 表观遗传维持
   10.5.4 表观遗传密码
 第11章 基因组的复制
  11.1 DNA复制的问题
   11.1.1 DNA复制的拓扑学
   11.1.2 DNA的半保守复制
   11.1.3 DNA拓朴酶及其功能
   11.1.4 DNA复制的特点
  11.2 原核生物基因组的复制
   11.2.1 复制起始点
   11.2.2 复制的起始
   11.2.3 复制的延伸
   11.2.4 复制的终止
   11.2.5 古细菌基因组的复制
  11.3 真核生物核基因组的复制
   11.3.1 酵母DNA复制起始点
   11.3.2 高等真核生物DNA复制起始点
   11.3.3 真核生物DNA复制叉上的事件
   11.3.4 端粒复制
  11.4 细胞器基因组的复制
   11.4.1 线粒体基因组的复制
   11.4.2 叶绿体基因组的复制
  11.5 基因组复制的调控
   11.5.1 基因组复制与细胞的分裂
   11.5.2 细胞S期的控制
 第12章 基因组进化的分子基础
  12.1 突变
   12.1.1 突变的机制
   12.1.2 突变的效应
   12.1.3 超突变与程序性突变
   12.1.4 DNA修复
   12.1.5 DNA单链的非对称性进化
  12.2 重组
   12.2.1 同源重组
   12.2.2 位点专一性重组
   12.2.3 双链断裂重组模型
   12.2.4 染色体重排
  12.3 转座
   12.3.1 DNA转座
   12.3.2 逆转录转座
 第13章 基因组进化的模式
  13.1 遗传系统的起源
   13.1.1 RNA世界
   13.1.2 基因组的起源
   13.1.3 生命三域
  13.2 新基因的产生
   13.2.1 基因与基因组加倍
   13.2.2 外显子洗牌与蛋白质创新
   13.2.3 DNA水平转移
   13.2.4 重复基因的命运
  13.3 非编码序列的扩张
   13.3.1 真核生物基因组非编码序列的组成
   13.3.2 转座子与基因组进化
   13.3.3 内含子的起源
  13.4 比较基因组学
   13.4.1 基因组同线性
   13.4.2 基因岛和基因协同进化
   13.4.3 远缘物种中基因与调控序列的保守性
 第14章 基因组与生物进化
  14.1 分子系统发生学
   14.1.1 表征学和分支系统学
   14.1.2 分子系统发生学
   14.1.3 DNA系统发生树
  14.2 分子系统发生学与生物进化
   14.2.1 生命的起源
   14.2.2 人类的起源
   14.2.3 现代人的起源
  14.3 基因组与生物多样性
   14.3.1 生物多样性的遗传基础
   14.3.2 生物多样性的分子机制
   14.3.3 基因调控的进化与生物多样性
 索引