第1章 绪论
1．1 生物信息学的产生与发展
1．1．1生物学发展与计算机应用
1．1．2生物信息学及分支学科
1．1．3生物信息学发展阶段与研究方向
1．1．4我国生物信息学研究的发展方向
1．2 生物信息学基本方法与前沿技术
1．2．1基本方法
1．2．2前沿技术
1．3 生物信息学的应用
1．3．1生物信息的经济价值与生物信息学市场
1．3．2基因组分析
1．3．3基因芯片
1．3．4药物开发
1．3．5其他应用领域
1．4 生物信息学教育与学习
1．4．1生物信息学教育项目
1．4．2生物信息学的学习与实践
1．4．3本书要点
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参考文献

第2章 生物信息学的计算机基础
2．1 数据管理与数据库技术
2．1．1数据管理的3种形式及其特点
2．1．2数据库基本概念
2．1．3数据库体系结构的3个抽象级别和两级数据独立性
2．1．4关系数据库
2．1．5数据库的保护
2．1．6数据库是高层应用的基础
2．2 计算机网络与Internet
2．2：1局域网与广域网
2．2．2客户机／服务器体系结构
2．2．3网络中的常用组件
2．2．4Internet及其发展
2．2．5TCP／IP协议
2．2．6IP地址和域名服务
2．2．7与Internet的连接方式
2．2．8Internet提供的服务
2．3 Internet上的高级信息管理
2．4 Java及移动计算
2．5 数据仓库和数据挖掘
2．6 其他的计算机知识
2．6．1算法和算法分析
2．6．2相似性度量
2．6．3配对算法
2．6．4分类与聚类
2．6．5隐马尔可夫模型
2．6．6人工神经网络
思考题
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参考文献

第3章 生物信息学资源与数据挖掘工具
3．1 引言
3．2 生物信息学资源
3．2．1基因组信息
3．2．2蛋白质信息
3．2．3整合生物学信息
3．3 分子数据挖掘工具
3．3．1序列相似性查询软件
3．3．2通用序列查询和模式识别工具
3．3．3构建序列查询协议
3．3．4数据挖掘工具例子——GeneMine
思考题
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参考文献

第4章 DNA序列分析
4．1 引言
4．1．1为什么要分析DNA序列
4．1．2基因结构与DNA序列分析
4．2 表达序列标签分析
4．2．1CDNA文库与表达序列标签
4．2．2EST数据库
4．2．3EST分析
4．2．4电子克隆CDNA全长序列
4．3 序列对位排列
4．3．1记分矩阵
4．3．2点标方法
4．3．3全局排列与局部排列
4．3．4CLUSTAL软件
思考题
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参考文献

第5章 分子系统发育分析
5．1 分子进化的基本概念
5．1．1同源性与同源性状
5．1．2类群
5．1．3系统（发育）树
5．2 分子进化模型与序列分歧度计算
5．2．1核苷酸序列进化
5．2．2蛋白质编码序列进化
5．2．3核苷酸序列分歧度
5．2．4蛋白质编码序列分歧度
5．3 分子系统树的构建
5．3．1距离矩阵法
5．3．2简约法
5．4 分子系统树检验
5．4．1一致性指数与一致树
5．4．2统计检验
5．5 分子系统发育分析软件及应用
5．5．1软件包
5．5．2应用实例
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参考文献

第6章 基因组分析
6．1 引言
6．2 基因组分析原理
6．2．1基因组的结构组成与稳定性
6．2．2基因组作图
6．2．3基因组计划
6．3 功能基因组学
6．3．1功能基因与功能基因组学
6．3．2非确定读码（uRF)
6．3．3直系同源体簇（COG)
6．4 比较基因组学
6．4．1基本原理
6．4．2主要方法
6．4．3功能网络
6．5 基因组分析系统实例——ACeDB
6．5．1ACeDB的主要结构与功能
6．5．2ACeDB的应用实例
思考题
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参考文献

第7章 蛋白质组分析
7．1 引言
7．1．1什么是蛋白质组
7．1．2为什么需要蛋白质组学
7．1．3蛋白质组研究的发展
7．1．4蛋白质组分析中的信息学工具
7．2 蛋白质组分析技术
7．2．1蛋白质组分析的出发点
7．2．2蛋白质组分析的技术路线
7．2．3蛋白质组分析的关键技术
7．2．4蛋白质组分析模型与数据库
7．2．5SWISS-PROT应用实例
思考题
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参考文献
附录1生物信息学相关网址
附录2生物信息学相关刊物
附录3英汉名词索引
附录4缩略词表