第1章 绪 论
  1.1 引言
   1.1.1 创世说与进化论
   1.1.2 细胞学说
   1.1.3 经典生物化学和遗传学
   1.1.4 DNA的发现与基因学说的创立
   1.1.5 不同的遗传方式可能存在于不同的生物体中
  1.2 分子生物学简史
  1.3 分子生物学主要研究内容
   1.3.1 重组DNA技术（基因工程）
   1.3.2 基因表达调控研究
   1.3.3 生物大分子的结构功能研究（结构分子生物学）
   1.3.4 基因组、功能基因组与生物信息学研究
  1.4 展望
  思考题
  主要参考文献
 第2章 染色体与DNA
  2.1 染色体
   2.1.1 染色体概述
   2.1.2 真核细胞染色体的组成
   2.1.3 原核生物基因组
  2.2 DNA的结构
   2.2.1 DNA的一级结构
   2.2.2 DNA的二级结构
   2.2.3 DNA的高级结构
  2.3 DNA的复制
   2.3.1 DNA的半保留复制
   2.3.2 DNA复制的一些基本概念
   2.3.3 DNA复制的几种主要方式
  2.4 原核生物和真核生物DNA复制的特点
   2.4.1 原核生物DNA复制的特点
   2.4.2 真核生物DNA复制的特点
   2.4.3 DNA复制的调控
  2.5 DNA的修复
   2.5.1 错配修复
   2.5.2 切除修复
   2.5.3 重组修复
   2.5.4 DNA的直接修复
   2.5.5 SOS反应
  2.6 DNA的转座
   2.6.1 转座子的分类和结构特征
   2.6.2 真核生物中的转座子
   2.6.3 转座作用的机制
   2.6.4 转座作用的遗传学效应
  2.7 SNP的理论与应用
   2.7.1 SNP概述
   2.7.2 SNP的检测技术
   2.7.3 SNP的应用
  思考题
 第3章 生物信息的传递（上）——从DNA到RNA
  3.1 RNA的结构、分类和功能
   3.1.1 RNA的结构特点
   3.1.2 RNA在细胞中的分布
   3.1.3 RNA的功能
  3.2 RNA转录的基本过程
   3.2.1 模板识别
   3.2.2 转录起始
   3.2.3 转录延伸
   3.2.4 转录终止
  3.3 转录机器的主要成分——RNA聚合酶
   3.3.1 原核生物RNA聚合酶
   3.3.2 真核生物RNA聚合酶
  3.4 启动子与转录起始
   3.4.1 启动子区的基本结构
   3.4.2 启动子区的识别
   3.4.3 RNA聚合酶与启动子区的结合
   3.4.4 -10区与-35区的最佳间距
   3.4.5 增强子及其功能
   3.4.6 真核生物启动子对转录的影响
   3.4.7 转录的抑制
  3.5 原核生物与真核生物转录产物比较
  3.6 原核生物与真核生物mRNA的特征比较
   3.6.1 原核生物mRNA的特征
   3.6.2 真核生物mRNA的特征
  3.7 真核生物RNA的转录后加工
   3.7.1 真核生物RNA中的内含子
   3.7.2 真核生物tRNA前体的转录后加工
   3.7.3 真核生物rRNA前体的转录后加工
   3.7.4 真核生物mRNA的剪接
  3.8 RNA的编辑、再编码和化学修饰
   3.8.1 RNA的编辑
   3.8.2 RNA的再编码
   3.8.3 RNA的化学修饰
   3.8.4 核酶
   3.8.5 RNA在生物进化中的地位
  思考题
 第4章 生物信息的传递（下）——从mRNA到蛋白质
  4.1 遗传密码——三联子
   4.1.1 三联子密码及其破译
   4.1.2 遗传密码的性质
  4.2 tRNA
   4.2.1 tRNA的三叶草形二级结构
   4.2.2 tRNA的L 形三级结构
   4.2.3 tRNA的功能
   4.2.4 tRNA的种类
   4.2.5 氨酰- tRNA合成酶
  4.3 核糖体
   4.3.1 核糖体的结构
   4.3.2 核糖体的功能
  4.4 蛋白质合成的生物学机制
   4.4.1 氨基酸的活化
   4.4.2 翻译的起始
   4.4.3 肽链的延伸
   4.4.4 肽链的终止
   4.4.5 蛋白质前体的加工
   4.4.6 蛋白质的折叠
   4.4.7 蛋白质合成的抑制剂
  4.5 蛋白质运转机制
   4.5.1 翻译-运转同步机制
   4.5.2 翻译后运转机制
   4.5.3 核定位蛋白的运转机制
  4.6 蛋白质的修饰、降解与稳定性研究
   4.6.1 泛素化修饰介导的蛋白质降解
   4.6.2 蛋白质的SUMOylation
   4.6.3 蛋白质的NEDDylation
   4.6.4 蛋白质的一级结构对蛋白质稳定性的影响
  思考题
 第5章 分子生物学研究法（上）——DNA、RNA及蛋白质操作技术
  5.1 重组DNA技术史话
  5.2 DNA基本操作技术
   5.2.1 核酸凝胶电泳
   5.2.2 细菌转化
   5.2.3 聚合酶链式反应技术
   5.2.4 实时定量PCR
   5.2.5 重亚硫酸盐测序技术
   5.2.6 基因组DNA文库的构建
  5.3 RNA基本操作技术
   5.3.1 总RNA的提取
   5.3.2 mRNA的纯化
   5.3.3 cDNA的合成
   5.3.4 cDNA文库的构建
   5.3.5 基因文库的筛选
  5.4 基因克隆技术
   5.4.1 RACE技术
   5.4.2 应用cDNA差示分析法克隆基因
   5.4.3 Gateway大规模克隆技术
   5.4.4 基因的图位克隆法
   5.4.5 热不对称交错多聚酶链式反应克隆T-DNA插入位点侧翼序列
  5.5 蛋白质与蛋白质组学技术
   5.5.1 双向电泳技术
   5.5.2 荧光差异显示双向电泳技术
   5.5.3 蛋白质质谱分析技术
  思考题
 第6章 分子生物学研究法（下）——基因功能研究技术
  6.1 基因表达研究技术
   6.1.1 转录组测序
   6.1.2 RNA的选择性剪接技术
   6.1.3 原位杂交技术
   6.1.4 基因定点突变技术
  6.2 基因敲除技术
   6.2.1 基本原理
   6.2.2 高等动物基因敲除技术
   6.2.3 植物基因敲除技术
  6.3 蛋白质及RNA相互作用技术
   6.3.1 酵母单杂交系统
   6.3.2 酵母双杂交系统
   6.3.3 蛋白质相互作用技术
   6.3.4 染色质免疫共沉淀技术
   6.3.5 RNA干涉技术及其应用
  6.4 基因芯片及数据分析
   6.4.1 基因芯片技术原理
   6.4.2 基因芯片的点制过程
   6.4.3 基因芯片数据分析
  6.5 利用酵母鉴定靶基因功能
   6.5.1 酵母的遗传学和分子生物学简介
   6.5.2 酵母基因转化与性状互补
   6.5.3 外源基因在酵母中的功能鉴定
  6.6 其他分子生物学技术
   6.6.1 凝胶滞缓实验
   6.6.2 噬菌体展示技术
   6.6.3 蛋白质磷酸化分析技术
   6.6.4 蛋白质免疫印迹与抗体制备
   6.6.5 细胞定位及染色技术
  思考题
 第7章 原核基因表达调控
  7.1 原核基因表达调控总论
   7.1.1 原核基因表达调控分类
   7.1.2 原核基因表达调控的主要特点
   7.1.3 弱化子对基因活性的影响
   7.1.4 降解物对基因活性的调节
   7.1.5 细菌的应急反应
  7.2 乳糖操纵子与负控诱导系统
   7.2.1 酶的诱导——lac体系受调控的证据
   7.2.2 操纵子模型及其影响因子
   7.2.3 lac操纵子DNA的调控区域——P、O区
   7.2.4 lac操纵子中的其他问题
  7.3 色氨酸操纵子与负控阻遏系统
   7.3.1 trp操纵子的阻遏系统
   7.3.2 弱化子与前导肽
   7.3.3 trp操纵子弱化机制的实验依据
   7.3.4 trp操纵子的其他调控机制
  7.4 其他操纵子
   7.4.1 半乳糖操纵子
   7.4.2 阿拉伯糖操纵子
   7.4.3 阻遏蛋白LexA的降解与细菌中的SOS应答
   7.4.4 二组分调控系统和信号转导
   7.4.5 多启动子调控的操纵子
  7.5 固氮基因调控
   7.5.1 固氮酶
   7.5.2 与固氮有关的基因及其表达调控
   7.5.3 根瘤的产生以及根瘤相关基因的调控
  7.6 转录水平上的其他调控方式
   7.6.1 σ 因子的调节作用
   7.6.2 组蛋白类似蛋白的调节作用
   7.6.3 转录调控因子的作用
   7.6.4 抗终止因子的调节作用
  7.7 转录后调控
   7.7.1 mRNA自身结构元件对翻译的调节
   7.7.2 mRNA稳定性对转录水平的影响
   7.7.3 调节蛋白的调控作用
   7.7.4 反义RNA的调节作用
   7.7.5 稀有密码子对翻译的影响
   7.7.6 重叠基因对翻译的影响
   7.7.7 翻译的阻遏
   7.7.8 魔斑核苷酸水平对翻译的影响
  思考题
 第8章 真核基因表达调控
  8.1 真核基因表达调控相关概念和一般规律
   8.1.1 基因表达的基本概念
   8.1.2 真核基因的断裂结构
   8.1.3 基因家族
   8.1.4 基因表达的方式和特点
   8.1.5 真核基因表达调控一般规律
  8.2 真核基因表达的转录水平调控
   8.2.1 真核基因的一般结构特征
   8.2.2 增强子及其对转录的影响
   8.2.3 反式作用因子
  8.3 真核基因表达的染色质修饰和表观遗传调控
   8.3.1 真核生物DNA水平上的基因表达调控
   8.3.2 DNA甲基化与基因活性的调控
   8.3.3 组蛋白乙酰化对基因表达的影响
   8.3.4 组蛋白甲基化对于真核基因表达的调控
  8.4 基因沉默对真核基因表达的调控
   8.4.1 基因沉默的相关概念
   8.4.2 干扰小RNA
   8.4.3 miRNA
  8.5 真核基因其他水平上的表达调控
   8.5.1 蛋白质磷酸化对基因转录的调控
   8.5.2 蛋白质乙酰化对转录活性的影响
   8.5.3 激素对基因表达的影响
   8.5.4 热激蛋白对基因表达的影响
   8.5.5 RNA的加工成熟
   8.5.6 翻译水平调控
  思考题
 第9章 疾病与人类健康
  9.1 肿瘤与癌症
   9.1.1 反转录病毒致癌基因
   9.1.2 原癌基因（细胞转化基因）产物及其分类
   9.1.3 原癌基因的表达调控
   9.1.4 基因互作与癌基因表达
  9.2 人类免疫缺陷病毒——HIV
   9.2.1 HIV病毒颗粒的形态结构及传播
   9.2.2 HIV基因组及其编码的蛋白
   9.2.3 HIV的复制
   9.2.4 HIV基因表达调控
   9.2.5 HIV的感染及致病机理
   9.2.6 艾滋病的治疗及预防
  9.3 乙型肝炎病毒——HBV
   9.3.1 肝炎病毒的分类及病毒粒子结构
   9.3.2 乙肝病毒基因组及其所编码的主要蛋白
   9.3.3 HBV的复制
  9.4 人禽流感的分子机制
   9.4.1 人禽流感病毒特点及分型
   9.4.2 禽流感病毒进入细胞及其转录与复制
   9.4.3 禽流感病毒感染人类的机制
  9.5 严重急性呼吸综合征的分子机制
   9.5.1 严重急性呼吸综合征冠状病毒的结构与分类
   9.5.2 SARS-CoV的基因组结构
   9.5.3 SARS-CoV的侵染过程
   9.5.4 SARS-CoV病毒的起源及变异
  9.6 基因治疗
   9.6.1 基因治疗的主要途径
   9.6.2 基因治疗中的病毒载体
   9.6.3 基因治疗中的非病毒载体
  思考题
 第10章 基因与发育
  10.1 果蝇的发育与调控
   10.1.1 卵子发育与卵裂
   10.1.2 胚胎发育
   10.1.3 果蝇的末端系统及背腹极性基因与发育调控
   10.1.4 果蝇的同源异形基因
  10.2 高等植物花发育的基因调控
   10.2.1 植物的花器官结构
   10.2.2 调控花器官发育的主要基因
   10.2.3 花器官发育的“ABC”模型
   10.2.4 启动花发生的分生组织决定基因
  10.3 控制植物开花时间的分子机理
   10.3.1 光周期途径
   10.3.2 春化作用
   10.3.3 开花途径的整合
  思考题
 第11章 基因组与比较基因组学
  11.1 人类基因组计划
   11.1.1 遗传图
   11.1.2 物理图
   11.1.3 转录图
   11.1.4 全序列图
  11.2 高通量DNA序列分析技术
   11.2.1 Sanger DNA序列测定基本原理
   11.2.2 基因组DNA大片段文库的构建
   11.2.3 鸟枪法序列测定技术及其改良
   11.2.4 Sanger测序法的改进及新一代测序技术
  11.3 新测序平台的应用
  11.4 其他代表性基因组
   11.4.1 大肠杆菌基因组
   11.4.2 酵母基因组
   11.4.3 拟南芥基因组
   11.4.4 水稻基因组
   11.4.5 家蚕基因组
   11.4.6 鸡基因组
  11.5 比较基因组学（comparative genomics）研究
  思考题
 主要参考书目
 名词解释
 后记
 索引