1．绪论部分 重点阐明了药用植物育种的重要性及迫切性，同时对商业化育种体系建立、药用植物育种特点以及研究的主要内容、任务和发展趋势进行了分析。
2．总论部分这部分是本教材的核心内容，在编写体系上分5个模块进行了阐述。
(1)育种基础内容模块 重点介绍了品种概念与育种目标、繁殖方式及品种类型、种质资源等内容。
(2)育种方法内容模块重点介绍了常规育种及现代育种的各个途径的方法内容。
常规育种模块，重点介绍了常规育种途径，例如引种、选择育种、有性杂交育种、回交育种、远缘杂交、诱变育种等。
现代育种模块，进行了章节的细化编写，例如将杂种优势利用部分分成杂种优势育种基础、品种与自交系的杂种优势利用、雄性不育系的杂种优势利用及自交不亲和系的杂种优势利用4章内容；将倍性育种部分分成单倍体育种、多倍体育种两章内容；将无性繁殖育种部分分成无融合生殖育种、无性繁殖植物的芽变及营养系选种3章内容；将生物技术育种部分分成细胞和组织培养育种、基因工程育种、分子标记与育种3章内容。
全书共分47章。主要内容包括：绪论、总论、各论三大部分。
1．绪论部分
重点阐明了药用植物育种的重要性及迫切性，同时对商业化育种体系建立、药用植物育种特点以及研究的主要内容、任务和发展趋势进行了分析。
2．总论部分这部分是本教材的核心内容，在编写体系上分5个模块进行了阐述。
(1)育种基础内容模块
重点介绍了品种概念与育种目标、繁殖方式及品种类型、种质资源等内容。
(2)育种方法内容模块重点介绍了常规育种及现代育种的各个途径的方法内容。
常规育种模块，重点介绍了常规育种途径，例如引种、选择育种、有性杂交育种、回交育种、远缘杂交、诱变育种等。
现代育种模块，进行了章节的细化编写，例如将杂种优势利用部分分成杂种优势育种基础、品种与自交系的杂种优势利用、雄性不育系的杂种优势利用及自交不亲和系的杂种优势利用4章内容；将倍性育种部分分成单倍体育种、多倍体育种两章内容；将无性繁殖育种部分分成无融合生殖育种、无性繁殖植物的芽变及营养系选种3章内容；将生物技术育种部分分成细胞和组织培养育种、基因工程育种、分子标记与育种3章内容。
(3)育种目标内容模块 重点介绍高光效育种、品质育种和抗性育种等内容。
(4)良种繁育内容模块 重点介绍良种繁育、品种审定和保护的内容。
(5)数据分析内容模块重点介绍灰色关联分析在育种中的应用、计算机在育种中的应用的内容。
3．各论部分各论部分重点介绍育种方法在各个品种中的应用内容。主要列举的品种有人参、三七、地黄、浙贝母、菘蓝、桔梗、丹参、甘草、当归、红花、忍冬、枸杞、五味子、栝楼、山茱萸、薏苡、杜仲和薄荷等。
